InMemoryAnnData

Implementation of an in-memory AnnData object.

See AnnData-usage for details on creating and using AnnData objects.

See also

AnnData-usage for details on creating and using AnnData objects

Other AnnData classes: AbstractAnnData, HDF5AnnData

Super class

anndataR::AbstractAnnData -> InMemoryAnnData

Active bindings

X

See AnnData-usage

layers

See AnnData-usage

obs

See AnnData-usage

var

See AnnData-usage

obs_names

See AnnData-usage

var_names

See AnnData-usage

obsm

See AnnData-usage

varm

See AnnData-usage

obsp

See AnnData-usage

varp

See AnnData-usage

uns

See AnnData-usage

Methods

Public methods

• InMemoryAnnData$new()

• InMemoryAnnData$clone()

Inherited methods

• anndataR::AbstractAnnData$as_HDF5AnnData()
• anndataR::AbstractAnnData$as_InMemoryAnnData()
• anndataR::AbstractAnnData$as_Seurat()
• anndataR::AbstractAnnData$as_SingleCellExperiment()
• anndataR::AbstractAnnData$layers_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$n_obs()
• anndataR::AbstractAnnData$n_vars()
• anndataR::AbstractAnnData$obs_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$obsm_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$obsp_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$print()
• anndataR::AbstractAnnData$shape()
• anndataR::AbstractAnnData$to_HDF5AnnData()
• anndataR::AbstractAnnData$to_InMemoryAnnData()
• anndataR::AbstractAnnData$to_Seurat()
• anndataR::AbstractAnnData$to_SingleCellExperiment()
• anndataR::AbstractAnnData$uns_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$var_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$varm_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$varp_keys()
• anndataR::AbstractAnnData$write_h5ad()

---

Method new()

Creates a new instance of an in-memory AnnData object. Inherits from AbstractAnnData.

Usage

InMemoryAnnData$new(
  X = NULL,
  obs = NULL,
  var = NULL,
  layers = NULL,
  obsm = NULL,
  varm = NULL,
  obsp = NULL,
  varp = NULL,
  uns = NULL,
  shape = NULL
)

Arguments

X

See the X slot in AnnData-usage

obs

See the obs slot in AnnData-usage

var

See the var slot in AnnData-usage

layers

See the layers slot in AnnData-usage

obsm

See the obsm slot in AnnData-usage

varm

See the varm slot in AnnData-usage

obsp

See the obsp slot in AnnData-usage

varp

See the varp slot in AnnData-usage

uns

See the uns slot in AnnData-usage

shape

Shape tuple (e.g. c(n_obs, n_vars)). Can be provided if both X or obs and var are not provided.

---

Method clone()

The objects of this class are cloneable with this method.

Usage

InMemoryAnnData$clone(deep = FALSE)

Arguments

deep

Whether to make a deep clone.

Examples

## complete example
ad <- AnnData(
  X = matrix(1:15, 3L, 5L),
  layers = list(
    A = matrix(5:1, 3L, 5L),
    B = matrix(letters[1:5], 3L, 5L)
  ),
  obs = data.frame(row.names = LETTERS[1:3], cell = 1:3),
  var = data.frame(row.names = letters[1:5], gene = 1:5)
)
ad
#> AnnData object with n_obs × n_vars = 3 × 5
#>     obs: 'cell'
#>     var: 'gene'
#>     layers: 'A', 'B'

## minimum example
AnnData(
  obs = data.frame(row.names = letters[1:10]),
  var = data.frame(row.names = LETTERS[1:5])
)
#> AnnData object with n_obs × n_vars = 10 × 5