Package index • anndataR

All functions

dim(<AbstractAnnData>) nrow(<AbstractAnnData>) ncol(<AbstractAnnData>) dimnames(<AbstractAnnData>) `dimnames<-`(<AbstractAnnData>) `[`(<AbstractAnnData>): S3 Methods for AbstractAnnData Objects

AbstractAnnData: Abstract AnnData class

AnnData-usage: AnnData structure and usage

AnnData(): Create an in-memory AnnData object.

AnnDataView: A View of an AnnData Object

HDF5AnnData: HDF5AnnData

InMemoryAnnData: InMemoryAnnData

ReticulateAnnData: ReticulateAnnData

as_AnnData(): Convert to an AnnData object

as_Seurat(): Convert an AnnData to a Seurat

as_SingleCellExperiment(): Convert an AnnData to a SingleCellExperiment

generate_dataset() get_generator_types(): Generate a mock dataset

read_h5ad(): Read H5AD

py_to_r(<collections.abc.Mapping>) py_to_r(<anndata._core.anndata.AnnData>) r_to_py(<AbstractAnnData>): Reticulate Helper Functions for AnnData Conversion

write_h5ad(): Write H5AD